申请专利无效的程序是：
1、自专利行政部门公告授予专利权之日起，当事人向专利行政部门提出无效认定的请求；
2、专利行政部门审查申请材料；
3、专利行政部门作出决定，并通知请求人和专利权人。
【法律依据】
《中华人民共和国专利法》第四十五条
自专利行政部门公告授予专利权之日起，任何单位或者个人认为该专利权的授予不符合本法有关规定的，可以请求专利行政部门宣告该专利权无效。
第四十六条
专利行政部门对宣告专利权无效的请求应当及时审查和作出决定，并通知请求人和专利权人。宣告专利权无效的决定，由专利行政部门登记和公告。
对专利行政部门宣告专利权无效或者维持专利权的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内向人民起诉。人民应当通知无效宣告请求程序的对方当事人作为第三人参加诉讼。
